Стальная тревога возвращается на экраны спустя 13 лет! Началась история с того, что над старшеклассницей по имени Канамэ Тидори нависла настоящая угроза, исходящая от некоей террористической организации. Причиной тому стали её сверхспособности, которыми весьма заинтересовались в преступном мире.
Тогда тайная организация "Мифрил” решает внедрить в школу шпиона, который бы присматривал за Канамэ и оберегал её от опасностей. Выбор пал на солдата Сосукэ Сагару. Он хорош в качестве военного, но в школе оказался впервые за всю свою жизнь, поэтому влиться в коллектив и ничем не выдать себя оказалось не так уж и просто!
Всё это время перед Сагарой стояла тяжёлая задача, ведь ему приходилось совмещать активные школьные будни с не менее насыщенной работой на военном поприще. Но, разобравшись со всеми врагами из "Амальгамы”, "Гаурона” и "Врат”, Сагара наконец мог вздохнуть свободно. Теперь ничто не мешало его обычным подростковым будням в старшей школе. Однако, отдых длился недолго. "Амальгама” решает взять реванш и в этот раз одержать победу абсолютно любой ценой.