В далеком будущем население планеты Земля стало слишком велико. Планета больше не в состоянии была обеспечить всех своих обитателей. И люди расселились в глубоком космосе, осваивая новые планеты, они всегда старались сделать их похожими на свою мать Землю. А потом произошла самая большая трагедия для всего человечества. В попытке вернуться на свою планету, люди не смогли договориться друг с другом и началась великая битва, которую спустя сто лет называли «Война за возвращение». Именно в этой битве родился сильный воин, о котором говорили самые разные легенды. Но одно было действительно правдой, он и его корабль-призрак Аркадия стали неуязвимыми к любому оружию. А когда битва окончилась, он превратился из воина в космического пирата, которого люди называли Харлоком. Так же, по окончании битвы была организована новая коалиции под названием Гайя. Целью ее стало обеспечение святости планеты Земля и полный запрет возвращения на нее кому бы то не было. Помимо этого, Гайя, как часто это бывает, решил подчинить себе всех людей в космосе, навсегда отобрав у них свободу.
На одной из обитаемых планет растет парень, по имени Логан. В его жизни тоже произошла великая трагедия, когда он был маленьким. Теперь, все, что его интересует – обрести свободу и стать одним из членов команды корабля Аркадии. В одну из посадок этого корабля на планете Логана, парень совершает отчаянную попытку с тремя другими людьми. Они отправляются к кораблю, чтобы быть принятыми на его борт. Но отбор на корабль очень жесткий и принят может быть только один из них, а те, кто не пройдет тест, расстаются с жизнью. И, если вначале Логан преследует лишь свободу, то потом, чем дольше он находится на корабле-призраке Аркадии, тем сильнее он начинает понимать, что Гейя и Харлок совсем не те, за кого себя выдают. И вскоре, Логану придется сделать тяжелый выбор.