Во все времена человечеству нужны герои, а во времена лишений и опасностей — подавно. Когда на Земле неожиданно появилась новая загадочная форма жизни, которая называется "Сэйвиджи, угрожающая людям возможным уничтожением, люди отыскали способ постоять за себя при помощи необычного оружия, известного как «Сотня». Владеть этим оружием может не каждый, и бойцов обучают в специальном заведении, где юноши и девушки могут бросить друг другу вызов и отточить в дуэли приобретенные навыки.
Главный герой аниме «Сотня», Хаято Кисараги, мечтающий стать признанным мастером боевых искусств и при помощи «Сотни» защищать себя и всех людей от незваных гостей, сумел поступить на обучение в боевой университет, а конкретно в военно-морскую академию "Маленький Сад". Где в ее стенах Хаято ждали два занимательных сюрприза. Во-первых, он встречает Эмилию Кроссфорд — девушку, которую он спас в прошлом и которая оказывается его соседкой по комнате, а во-вторых, сразу же после церемонии поступления ему поступил вызов на дуэль и не просто от кого-то, а от президента студсовета Клэр Харви, сильнейшего бойца университета. Именно с этой встречи начинается его путь к становлению мастером.