Действие аниме «Полет ведьмы» раpворачивается в городе Аомори, Япония. Провинциальный городок, удивляющий своей красивой природой. Среди гор и прозрачных рек, окружённых зеленью, жизнь течёт особенно размеренно и спокойно. По крайней мере, так было до того, как туда приехала молодая ведьма Макото, которую отправили к родственникам, чтобы она научилась жить вдали от дома и стала лучше в ведьмовском деле, ведь в семье юной Макото Коваты есть традиция — по достижении пятнадцатилетия молодежь должна учиться самостоятельности.
Она поселяется у троюродного брата Кея и сестры Чинацу, кажется, жизнь налаживается: Кей представил Макото Нао, своей подруге со средней школы, и они понемногу становятся подругами, да и коту, переехавшему вместе с Макото, родственники обрадовались. Но со временем они начинают замечать, что Макото ведёт себя немного странно. И когда Макото, выбирая метлу на рынке, поднимается на ней в воздух, Чинацу окончательно понимает, что дальше их ждёт весёлая и необычная совместная жизнь.
Словом, Макото уверенно идет к желанной самостоятельности и становится полноценным членом нормального и паранормального общества, по пути заводя друзей, пытаясь определиться, чем она хочет заниматься в жизни и стараясь быть хорошим человеком.