На тихий город Фуюки надвигается страшная катастрофа. Согласно приданию скоро должна начаться новая война между семью волшебниками. Каждый из них призовёт себе на помощь одного из слуг и сразится с остальными в смертельной битве за священный Грааль. Все маги оказываются подростками, и многие из них учатся в одной школе, хотя и не подозревают друг о друге. Главный герой - старшеклассник Эмия Сиро является приёмным сыном одного из великих магов и участников прошлой войны за Грааль, в которой он погиб. Из всех своих магических способностей он обучил Эмию только заклинанию, благодаря которому он может представить структуру любого предмета.
Эмия считает своего отца примером для подражания и хочет, как и он, использовать магию только во благо людей. Поэтому он не хочет участвовать в этой войне. Но против своей воли призывает слугу Сейбер – девушку-рыцаря с мечом. Основным противником Эмии является сильный маг-девушка из параллельного класса Рин Тосака и её слуга Арчер, которые настроены решительно заполучить Грааль. Сторону Сиро принимает другой маг – Иллия, которая помогает ему с схватках, однако оба они знают, что война закончится только когда в живых останется кто-то один..