Действие аниме происходит в 2050 году. Теперь новейшие технологии распространены в каждом уголке мира и являются ведущим фактором в развитии человечества. Способ доставки также радикально изменился после изобретения супер-прочного картона из особого материала, на который не действуют фактически никакие разрушительные силы. Супер-картон стал востребоваться всё больше и вскоре его стали применять во время боя особых миниатюрных роботов LBX, которые ранее были запрещены из-за своей разрушительной силы, но теперь снова набирают популярность.
Главный герой аниме «Битвы маленьких гигантов» – Ван Ямано, 14-летний школьник, ярый поклонник битв LBX. Его друзья – компьютерный гений Кацу и Ами. Кацу знает всё о программировании роботов, он превосходный тактик. Ами разрабатывает стратегию боя для Вана. Однажды Ван Ямано становится пилотом LBX «AX-00», которого ему передала таинственная женщина, сказав при передаче следующие слова: «В этой коробке находится судьба всего человечества. Никогда не используй её содержимое в дурных целях...».