Сюжет мистического аниме "Иная" начинается с того, что главный герой Коити Сакакибара приезжает в город Ёмияму, к родителям своей умершей матери. У парня обнаружили воспаление легких, и ему необходимо пройти полное стационарное лечение. Когда Коити лег в больницу, он познакомился там со странной девушкой. Незнакомка прогуливалась по больничным коридорам и всюду носила с собой куклу. Однажды Коити заметил, что девушка направляется в морг. Когда он начинал разговор с ней, девушка странным образом отмалчивалась, лишь иногда он слышал, что она произносила какие-то нечленораздельные звуки. Через какое-то время парень пошел на поправку. Он вернулся в дом дедушки и бабушки, и решил продолжать обучение в этом городе. Когда он первый раз пришел в новую школу, то увидел девушку, с которой недавно познакомился в больнице. Девушка вела себя очень странно. Она практически ни с кем не общалась и лишь с Каити иногда перекидывалась парой ничего незначащих фраз. Каити не каждый день видел таинственную девушку в школе. Он сделал вывод, что у девушки какие-то проблемы дома или в личной жизни, и этим он объяснял ее странное поведение. Но еще более странно вели себя остальные ученики и преподаватели. Они делали вид, что ученицы не существует. "Почему же бедолагу так игнорируют?", - думал Каити, и не находил ответа. Ему не приходило в голову, что все остальные ученики и преподаватели просто-напросто не видят девушку, в отличие от него самого. Со временем, Каити понял, в чем дело и пришел в ужас. Кто же на самом деле эта таинственная незнакомка, явившаяся прямо с загробного мира? И почему именно он может видеть ее? Слишком много вопросов, на которые пока что нет ответа. Но главный герой твердо решил разобраться, что здесь происходит, и свидетелем чего он стал. А тем временем, загадочная девушка пытается еще больше сблизиться с парнем и рассказать ему о чем-то очень важном.