С начала времён во вселенной существовало пять миров, которые ни в коем случае ни должны были пересекаться. Но однажды откуда ни возьмись, начали появляется загадочные монстры «Уроборосы», ознаменовавшие Вселенское единение и конец всех миров Но вместе с новой угрозой появились и девы спасительницы – Судьбонносницы и Доминанты, которых во имя спасения всех пяти миров собрали на острове в Голубом мире – Земле. И хоть все девушки обладают огромной силой, но многим из них предстоит преодолеть ещё очень долгий путь прежде, чем стать настоящими спасительницами пяти миров.
Главными героями предстают несколько девушек: Миуми Хината — школьница, живущая на Земле, иначе говоря, в Голубом мире, Софина — ведьма, пришедшая из Мира тьмы и изучающая различные феномены разрушения миров, Альмария — девушка, страдающая амнезией из Красного мира, и Код Омега-77 Стелла — девушка, которая является андроидом и создана, чтобы постоянно поддерживать баланс в своем мире.
Вся история аниме «Невинные ангелы» начинается с того, что в одном из миров открываются таинственные порталы «Хайро», из-за которых несколько миров начали сливаться воедино. Через некоторое время после слияния этих миров так называемые силы «Эксида» начали проявляться у обычных девушек-подростков. Позже тех начали называть «прогрессами». Специально для них на изолированном, отдаленном от остальной цивилизации острове Сэйран, что находится в Тихом океане, была построена академия с целью тренировки и развития их способностей.